Der Rückgang von Pisa begann in der zweiten Hälfte des dreizehnten Jahrhunderts, mit dem Ende der schwäbischen Dynastie: die Stadt, solide Ghibelline Tradition und seit jeher mit dem Empire seitig, mit dem Tod von Friedrich II. verlor seinen besten Verbündeten.
Und so war es ein Opfer der Feindseligkeit des Papsttums und der historischen Rivalen zunächst Lucca, Florenz und Genua.
Es wird zu einem entscheidenden Schlag zuzufügen, vernichtet seine Flotte in der Schlacht von Meloria (1284).
Pisa verlor so ihre kommerzielle Überlegenheit und seine Domänen, sah auch die Eskalation interner Machtkämpfe, durch Putsche und heftigen Repressalien geprägt: einer der emblematischen Figuren dieser Epoche war der Graf Ugolino della Gherardesca, der Protagonist einer der Tragische Lieder von Dantes Inferno.
Die politische Instabilität hat die Stadt die erste Regel der Visconti und dann von 1406, nach einer langen Belagerung, in Florenz.