Gia’ dall’anno mille, Pisa mostrava i segni della propria vivacita’ culturale nei rapporti con il mondo islamico e bizantino, ed esprimeva personalita’ del livello di Buscheto, Burgundio e Fibonacci. L’Universita’ degli Studi fu fondata, con bolla papale, nel 1343. Le prime facolta’ attivate furono Teologia, Diritto (canonico e civile) e Medicina. Le vicende dell’Universita’ e della citta’, fin da allora, furono molto legate. Alla conquista fiorentina del XV secolo, ad esempio, corrispose un decadimento dell’Ateneo. Al contrario, con l’avvento di Lorenzo de’ Medici, ci fu una ripresa dello Studio pisano, ma la successiva ribellione e l’assedio del 1509 determinarono un vero e proprio smembramento dell’Universita’.
Fu solo piu’ tardi, con il Ducato ed il Granducato di Cosimo I, che l’Ateneo, restaurato e riorganizzato, divenne, per almeno un secolo, uno straordinario centro di cultura e di didattica per l’intero continente Europeo: accanto al celeberrimo Galileo Galilei operarono alcune delle maggiori personalita’ del tempo. A quegli anni risale anche la fondazione del primo orto botanico al mondo (assieme a quello di Padova) ad opera del botanico Luca Ghini.
Dopo il fulgore, alcuni decenni di attivita’ non molto significativa, e poi, nella seconda meta’ del Settecento, un rinnovato interesse da parte dei nuovi granduchi Asburgo Lorena contribui’ all’arricchimento dei musei e della biblioteca e vide la realizzazione della specola astronomica, delle cattedre di chimica e di fisica e la ripresa dell’insegnamento della chirurgia.
Nel successivo periodo napoleonico si aggiunsero ulteriori insegnamenti e fu fondata la Scuola Normale Superiore. Alla prima meta’ dell’Ottocento risalgono anche la creazione di due "nuove" facolta’: Agraria e Veterinaria.
Nel 1848 un battaglione universitario di volontari partecipo’ alla battaglia di Curtatone, l’episodio segna per sempre i copricapo dell’Ateneo – i tradizionali goliardi – che, a memoria di quei caduti si presentano, a tutt’oggi, con la punta mozzata. Da allora l’Universita’ pisana mantenne sempre alto il suo nome con docenti e discenti di grande valore in campo mondiale (va fiera tra l’altro dei premi Nobel di due suoi laureati, Fermi e Rubbia).
Negli anni Sessanta vide nascere una nuova Scuola Superiore di Studi, la S.Anna, e infitti’ i rapporti di interscambio con il Consiglio Nazionale delle Ricerche che, a Pisa, conta un’insediamento di assoluto prestigio. Gli anni della contestazione videro gli studenti pisani assai impegnati nel rinnovamento che percorse le universita’ e le societa’ di molti Paesi del mondo, in una indiretta ma inequivocabile conferma di vitalita’ e vivacita’. Dal 1984, l’Universita’ – unica in Italia – gestisce un proprio Palazzo dei Congressi.
Oggi, l’Ateneo si articola in 11 facolta’ per complessivi 33 corsi di laurea ed in 44 dipartimenti, conta quasi 42.000 iscritti in una citta’ di circa 100.000 ab., con un’utenza che e’ composta principalmente da giovani provenienti dalla costa occidentale della Toscana e dalla Liguria meridionale, ma anche da molte altre regioni soprattutto del Sud della Penisola; a questi si aggiungono alcune centinaia di studenti stranieri, provenienti dai paesi europei, dagli U.S.A. e da molti paesi afro-asiatici. La presenza degli studenti e’ sempre stata un’aspetto centrale nella vita a Pisa, fin da quando l’inizio delle lezioni era annunciato pubblicamente dai rintocchi della torre del Campano, situata a poca distanza dal palazzo della Sapienza. La presenza dell’Universita’ e dei suoi studenti costituisce per Pisa un insostituibile elemento di ricchezza, trainante per l’intera vita cittadina.