L’interno, sorprendentemente semplice e privo di decorazioni, ha inoltre una eccezionale acustica.
La fonte battesimale ottagonale e posta su tre scalini al centro è datato al 1246 e fu costruito da Guido Bigarelli da Arogno allora appartenente alla diocesi di Como. La scultura bronzea di San Giovanni Battista al centro del fonte è opera egregia di Italo Griselli.
Presenta una curiosa cupola troncoconica, come quella della chiesa dei Ospitalieri a Pisa, sempre dello stesso architetto, che copre solo il giro interno di pilastri (la tecnica costruttiva per una cupola emisferica o poligonale di grandi dimensioni era all’epoca quasi ignota). Il progetto di Diotisalvi voleva essere quello di citare architettonicamente sia la Moschea della Roccia (all’epoca ritenuta costruita sulle rovine del Tempio di Salomone) nella parte esterna, sia l’Anastasis della Basilica del Santo Sepolcro nella parte interna, entrambi a Gerusalemme. Successivamente i lavori furono proseguiti da Nicola e Giovanni Pisano che modificarono il Battistero in stile Gotico con la loggia e la cupola emisferica che nasconde quella piramidale.
La cupolina sulla sommità con la statua di San Giovanni Battista furono messi solo molto più tardi. Il Battistero originariamente aveva un’apertura sul soffitto attraverso la quale entrava la luce illuminando il fonte battesimale. In altri battisteri più antichi tale apertura serviva per riempire tale fonte con l’acqua piovana, ma non è il caso di Pisa dove il fonte non presenta canali di scolo: all’epoca i battesimi venivano già effettuati in maniera simile all’attuale attraverso piccole vasche poste lungo il bordo del fonte il quale era, quindi, puramente simbolico.
È il più grande battistero in Italia: la sua circonferenza misura 107,24 m, mentre la larghezza della muratura alla base è due metri e 63 cm, per un’altezza di 54 metri e 86 centimetri. La cupola è coperta da tegoli rossi verso il mare e da lastre di piombo verso levante. Probabilmente la causa della differenza nella copertura è da trovarsi nella mancanza di denaro, così come nell’assenza di affreschi nel soffitto che tuttavia erano stati pianificati originariamente.
Il portale
Il portale, dirimpetto alla facciata del Duomo, è affiancato da due colonne di spoglio. L’architrave e suddiviso in due livelli, l’inferiore riporta episodi della vita del Battista, il superiore mostra Cristo fra la Madonna e il Battista tra angeli ed evangelisti. Ai lati del portale due lesene recano il ciclo dei mesi
Il Battistero è, come molti altri edifici di Pisa, leggermente inclinato: la pendenza verte verso est in direzione della Cattedrale.