Già intorno al VIII secolo d.C. esisteva su tale territorio un primo insediamento umano ed un piccolo Oratorio o luogo di preghiera che divenne la base della successiva chiesa medievale.
Con lo sviluppo della popolazione in epoca medievale e la nascita di una prima chiesa dedicata a San Michele Arcangelo, di cui si ha conferma in un documento del secolo XII ove è citata come San Michaelis de Oratorio, si sviluppò anche il paese di Oratoio che per molti secoli rimase una delle numerose località pisane poste alla periferia della città, nei pressi delle prime vie di comunicazione stradali e fluviali, caratterizzate da un’economia agricola.