Da quel momento iniziò una fruttuosa ricerca anatomica, intrecciata con la fisiologia e la patologia, che vide impegnati, dopo Vesalio, altri illustri anatomici come: Gabbriello Falloppio (1523-1563), Lorenzo Bellini (1643- 1704), Paolo Mascagni (1742-1815) e Filippo Pacini (1812-1883). Ed ecco gettate le basi per la nascita di un Museo di Anatomia Umana a Pisa che poteva dare un’adeguata collocazione a moltissimi preparati anatomici di mirabile fattura e di indubbio interesse scientifico e culturale. Il Museo di Anatomia Umana fu istituito sotto Leopoldo II di Lorena per opera di Tommaso Biancini, dissettore e professore di anatomia e fu inaugurato il 15 novembre 1832 con il nome di Gabinetto Anatomico. Nel 1834 Filippo Civinini continuò l’opera di sistemazione con la descrizione dei pezzi anatomici e l’allestimento di un catalogo che richiamava numericamente gli oggetti descritti. In quel periodo, i preparati conservati erano circa 120, ma nel 1841 erano già diventati 1327, elencati nell’"Indice degli articoli del Museo d’Anatomia Fisiologica e Patologica Umano-Comparata dell’ I. e R. Università di Pisa", pubblicato nel 1842. Nel gennaio del 1856 venne pubblicato un nuovo indice che elenca ora 1617 pezzi, anonimo, dal titolo "Segue l’indice degli articoli contenuti nel Museo Fisio-Patologico di Pisa e raccolti dal 1842 a tutto il 1855". [È ipotizzabile che il nuovo indice sia da attribuire a Pietro Duranti, Professore di Anatomia Umana Normale a Pisa dal 1851 al 1886, di cui il Fedeli (1926) scrisse: "Il riordinamento del grande museo, lo si deve completamente a lui, che rese così più facile lo studio sulle preparazioni secche ecc. agli studenti".]
Il Museo di Anatomia Umana occupò fino alla fine degli anni 60 il piano terra della sezione anatomica della Scuola Medico-Chirurgica, poi, per esigenze didattiche, fu trasferito al secondo piano dello stesso edificio, dove si trova attualmente. [Per la sua iniziale ubicazione al piano terra, il Museo di Anatomia Umana fu devastato dall’inondazione del novembre del 1944 causata dai tedeschi in ritirata che minarono e fecero saltare le spallette dell’Arno in piena. Un’imponente massa d’acqua, fango e detriti invase i locali del museo, causando danni irreparabili ai preparati esposti sugli scaffali e nelle vetrine.] Fra il vario materiale conservato nel Museo di Anatomia Umana, ricordiamo una notevole collezione osteologica che inizia dallo scheletro, preparato sia nel fresco che per macerazione, fino alle singole ossa, delle quali sono raccolte anche numerose varietà. Si possono quindi osservare un’interessante collezione di bacini, crani di feto per lo studio dell’embriologia, ossa variamente colorate per le dimostrazioni pratiche, scheletri di statura eccezionale e scheletri di varie razze umane. Fra i tanti crani, due risultano particolarmente interessanti: uno, di grande valore didattico, presenta le ossa craniche non articolate fra loro (modello esploso), per mostrarne la loro individualità; l’altro, di interesse storico-culturale, risalente sicuramente al periodo in cui le scienze antropologiche e criminologiche erano in voga, riporta una mappa frenologica: sulla superficie della volta cranica sono contrassegnate le aree cerebrali alle quali si attribuivano particolari funzioni ed attitudini della mente umana. Una bella collezione sindesmologica offre invece diversi preparati che dimostrano le articolazioni fra le ossa e gli apparati ligamentosi. Il reparto di angiologia vanta invece un numero considerevole di preparati sul cuore e sui vasi sanguigni, realizzati con la tecnica dell’imbalsamazione e dell’iniezione con gesso variamente colorato (rosso per le arterie e blu per le vene). I preparati angiologici che più colpiscono la curiosità dell’osservatore sono sicuramente rappresentati dalle statue anatomiche, collocate in eleganti teche espositive. I preparati sono di varie dimensioni: alcuni sono stati ottenuti da cadaveri interi e pertanto illustrano l’organismo umano nella sua completezza; altri, invece, sono parti di cadavere e mostrano dettagli anatomici. Oltre ad illustrare l’anatomia dei visceri, essi hanno lo scopo principale di mostrare le strutture vascolari. Queste statue anatomiche mostrano molte varietà angiologiche, per numero, calibro e topografia, alcune molto rare. Bellissime sono le iniezioni dei vasi linfatici ottenuti con il mercurio, secondo la tecnica del Mascagni, che però attualmente rivestono più un interesse storico-artistico che scientifico- dimostrativo. La parte destinata ai visceri è cospicua: vi sono ampiamente rappresentati gli apparati digerente, respiratorio, nervoso ed urogenitale, soprattutto maschile. La maggior parte di questi preparati, che mostrano organi interi o loro parti, è conservata in appositi vasi contenenti alcool o formalina. In questo modo è conservata anche una bella collezione di feti e di annessi fetali. Oltre ai preparati originali, ottenuti direttamente dal cadavere, il Museo di Anatomia Umana possiede molti modelli anatomici realizzati con vari materiali, fra cui la cera ed il gesso, per i più vecchi, la plastica, per i più recenti. Numerosi sono i calchi in gesso di crani di epoca preistorica forniti da musei anatomici che possiedono rarissimi esemplari divenuti famosi per i lavori o le discussioni scientifiche che hanno alimentato. In cera, invece, sono i modelli di embrioni umani ed animali ai vari stadi di sviluppo, i modelli dello sviluppo di vari organi, fra cui cuore, occhio e sistema nervoso centrale, ed i modelli di anatomia dell’occhio, della laringe e dell’orecchio. Si può anche ammirare una riproduzione in cera del corpo umano, a grandezza naturale, che rappresenta un giovane, riprodotto con estrema esattezza, in un atteggiamento di abbandono che fa di questo modello anche un pregevole oggetto artistico. La scatola cranica è aperta e la dura meninge risulta incisa e rimossa per mostrare gli emisferi cerebrali; la cavità toracica è aperta ed il cuore è visibile fra i polmoni sollevati; la parete addominale anteriore è aperta per mostrare gli organi; arterie, vene e nervi sono posti nella loro sede naturale. In un’apposita urna di vetro è infine conservata la maschera mortuaria, in cera, di Paolo Mascagni, il primo che descrisse in maniera perfetta il sistema linfatico. Fra i preparati embriologici, ci sono diversi modelli in cera colorata che illustrano le fasi più significative dello sviluppo sia umano che animale: si va dalle primissime fasi dello sviluppo embrionale fino a quelle fetali precedenti la nascita, con la dimostrazione dell’organogenesi e dell’accrescimento volumetrico. In particolare, in un’apposita teca, è conservato un grande modello di embrione umano che può essere studiato nelle sue varie sezioni grazie alla presenza di un sistema di leve che consente lo spostamento delle diverse parti dell’embrione. Una rara collezione di scheletri fetali, che vanno da 60 giorni di vita fino alla nascita, completa la parte embriologica. Il Museo di Anatomia Umana possiede anche materiale di interesse archeologico, fra cui una ricca collezione di vasi peruviani precolombiani.
Questi vasi appartengono alle culture preincaiche Chimù e Chancay della costa peruviana e risalgono ad un periodo compreso fra il XII ed il XVI secolo: fanno parte di corredi funerari e contengono raffigurazioni antropomorfe, zoomorfe o fitomorfe. Alla stessa raccolta precolombiana appartengono anche mummie, crani e corredi funerari (utensili, ciotole, stoffe, ecc.) che rivestono sicuramente un interesse medico-scientifico. Due mummie (mummificazione spontanea dovuta al clima arido della costa peruviana) sono ben conservate e presentano un tipico atteggiamento fetale; una presenta anche il cranio artificialmente deformato. Più impressionante è invece una collezione di teste imbalsamate, provenienti da una famiglia di peruviani i cui membri furono decapitati: da notare due teste di bambini di pochi mesi. [Questo prezioso materiale precolombiano è pervenuto al Museo di Anatomia Umana in parte da scavi peruviani effettuati fra il 1860 ed il 1870 da Carlo Regnoli, uno studioso dell’Università di Pisa. Vi sono però anche documenti che attestano che nel 1894 la baronessa Elisa de Boilleau, a nome del barone Carlo de Boilleau, donò all’allora Museo Civico tre casse contenenti mummie peruviane ed altro materiale precolombiano. Il barone Carlo de Boilleau poteva ben possedere materiale proveniente da scavi peruviani, essendo stato console francese a Lima durante l’impero di Napoleone II. Dopo il crollo del secondo Impero, egli si stabilì a Pisa nel 1877, nel palazzo che ancora oggi porta il suo nome. Questo materiale precolombiano finì per confluire, probabilmente, nel già esistente fondo Regnoli del Museo di Anatomia Umana.] Fra le varie mummie possedute dal museo, due sono egizie. Una di esse è contenuta ancora nel suo sarcofago originale, splendidamente conservato e dipinto a vivi colori.
Questa mummia è stata recentemente sottoposta ad un esame di tomografia assiale computerizzata (TAC) che ha evidenziato l’assenza di organi all’interno della cavità toraco- addominale, a parte la presenza di un "pacchetto" di stoffa in corrispondenza di un taglio della parete addominale antero-laterale attraverso la quale fu sicuramente praticata l’eviscerazione, indispensabile nel processo di imbalsamazione praticato dagli antichi Egizi. Lungo i corridoi della Sezione di Anatomia Umana è possibile ammirare una pregevole serie di tavole anatomiche, opera di Paolo Mascagni che insegnò a Pisa nel 1800. Queste tavole, di diverse dimensioni, si trovano in un ottimo stato di conservazione e colpiscono per i colori vividi e per la precisione del tratto che riesce a scoprire i particolari anatomici più fini.
Numerosi studenti visitano il Museo di Anatomia Umana per ammirare le pregevoli opere di uomini geniali. Esiste una precisa volontà di incrementare questa attività didattico-culturale, con la convinzione che essa riveste un’importanza notevole per la formazione dei giovani, la diffusione del sapere scientifico e la conoscenza della propria storia